Po dekadzie występów dla Czech, Jan Koller definitywnie zakończył reprezentacyjną karierę. Czeski "Wieżowiec" już kilkukrotnie nosił się z takim zamiarem, ale ostateczną decyzję podjął po sobotnim spotkaniu eliminacyjnym ze Słowacją.

Po Euro 2008 36-letni snajper zrezygnował z występów w drużynie narodowej, ale po tym, jak selekcjonerem został prezes Czesko-Morawskiego Związku Piłki Nożnej, Ivan Hasek, Koller zdecydował się wrócić do kadry przed meczem ze Słowacją. Czesi zremisowali prestiżowy mecz z wschodnimi sąsiadami 2-2, a Koller został zmieniony w drugiej połowie przez Milana Barosa. Byłego napastnika AS Monaco zabraknie już w środowym meczu z San Marino.
Reprezentacyjne konto Koller zamknął na 91 występach i 55 strzelonych bramkach. W drużynie narodowej zadebiutował w 1999 roku.